پس از آنکه یک ماموریت فضایی از کنترل خارج می‌شود، جین گری به نیرویی ماوراء طبیعه دست پیدا می‌کند و امنیت نژاد بشر را به خطر می‌‎اندازد. در این شرایط، مردان ایکس باید خود را برای مقابله با او آماده کنند و...

اتفاقات فیلم در سال 2024 رخ می‌دهد، زمانی که قدرت شفادهنده‌ی "ولورین" بشدت کاهش یافته و پروفسور "چارلز اگزاویر" بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر «میوتنت‌» هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که «میوتنت‌»های زیر سن قانونی را دستگیر و زندانی کند و پس از آن، آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند...

یک بمب گذار ایرلندی از زندان فرار می کند و یکی از اعضای گروهک بمبگذار بوستون را هدف قرار می دهد...