داستان فیلم در ژاپن رخ می‌دهد و از سال 1990 شروع شده و در زمان حال به اتمام می‌رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...