وقتی از زمین و آسمان در ژاپن فاجعه می بارد، دختر نوجوانی به نام سوزومه که توانایی دیدن پدیده های ماورایی را دارد، متوجه می شود که علت این فجایع باز شدن درهایی اسرارآمیز است. حالا سرنوشت ژاپن در دستان سوزومه است که باید طی یک ماجراجویی پرخطر، درها را ببندد.

داستان این انیمیشن در دنیایی به تصویر کشیده می شود که جن های مختلف با صلح و آرامش در کنار بشر زندگی می کنند. «لو شیائو-هی»، گربه شیطانی است که خانه جنگلیش ویران شده و سرگردان است. با حضور دلسوزانه جن ها و انسان هایی که یکی پس از دیگری در زندگی هی حضور پیدا می کنند، او در انتخاب اینکه سرپناه واقعیش کدام طرف باید باشد، دچار معضل می شود.

داستان این انیمه درباره اتحاد میان انسان ها ، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و ….

نبرد ناامیدانه‌ی بشر برای بازپس‌گیری زمین از دست گودزیلا همچنان ادامه دارد. برگ برنده برای شکست پادشاه هیولاها ممکن است مکاگودزیلا باشد ، یک سلاح رباتیک که تصور می‎شد حدودا بیست هزار سال پیش از دست رفته است و…

اوککو پس از از دست دادن والدین خود در یک تصادف، شروع به زندگی در حومه شهر با مادربزرگش می کند که یک مسافرخانه سنتی ژاپنی دارد. در حالی که او آماده می شود که صاحب بعدی مسافرخانه باشد، اوککو شروع به دیدن ارواحی مهربان میکند...

نوریمیچی به همکلاسی خود، نازونا علاقه مند است. نازونا تصمیم دارد از خانه شان فرار کند و از نوریمیچی کمک می خواهد، اما اوضاع بر طبق نقشه پیش نمی رود و...

زمانی که بازماندگان زمین دیگر قدرت مقابله با گودزیلا و دیگر هیولاها را ندارند ، مجبور می‌شوند برای ادامه‌ی زندگی خود به سیاره‌ای دیگر سفر کنند. اما مشکل اینجاست زمانی که آنها به آنجا می‌رسند متوجه می‌شوند اکوسیستم این سیاره برای زندگی مناسب نیست. در این بین ، هارو شخصیت اصلی داستان از بازماندگان می‌خواهد به زمین برگردند و برای به دست آوردن دوباره‌ی آن بجنگند...

در آینده‌ای دور، تمدن انسان ها به نهایت تکنولوژی دست یافته است. یک عفونت باعث از کار افتادن سیستم های خودکار چرخه ی شهرها شده است و در نتیجه ساختار چند لایه ی شهر به صورت نامحدود تکرار می شود. حال بشریت کنترل شهر را از دست داده و سیستمی دفاعی به نام "سیف‌گارد" وظیفه‌ی شکار و پاکسازی هر گونه تهدیدی را به صورت خودکار برعهده می گیرد. در گوشه ای از شهر گروهی با نام "Electro-Fishers" گیر این سیستم دفاعی افتاده اند و به گونه ای محاصره شده اند. دختری به نام "زورو" راهی سفری به شهر می شود تا برای مردم روستایش غذا تهیه کند. او به صورت اتفاقی در برجی باعث ایجاد حس خطر می شود و سیستم "سیف‌گارد" او را به عنوان یک تهدید در نظر می گیرد و در پی نابود کردن آن است. با وجود بسته شدن همه ی راه های فرار، تنها کسی که می تواند او را نجات دهد "کیلی" و گروهش می باشد که همه آن ها برای زنده ماندن با هم متحد می شوند...

این انیمه شش ماه پس از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان هستند و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند داد صحبت می کنند. در همین حال، سیتو کایبی مامور میشود تا برای پیدا کردن “پازل هزار ساله” به “معبد زیرزمینی” رهسپار شود، اما...

"تاکائو" که یک دانش آموز درس خوان می باشد که دوست دارد طراح کفش ماهری شود. یک روز او تصمیم می گیرد که از مدرسه به باغ ژاپنی برود و در آنجا فکر کند و درباره آینده خود تصمیم گیری کند. در باغ زن مرموزی به نام "یوکینو" را می بیند و مجبور می شود وقتش را با او بگذراند...

در دورانی که گوشت اژدها به غذای مورد علاقه انسان‌ها تبدیل شده‌است، خدمه سفینه کوئین زازا از طریق شکار این موجودات غول‌پیکر، خوراک مورد نیاز خود و سایر هم نوعانشان را تامین می‌کنند. البته آنها در صورت شکست در ماموریت‌هایشان با پیامد‌های جبران ناپذیری مواجه می شوند و...

یک خانواده توسط دیو ها و نیروهای اهریمنی مورد حمله قرار می گیرد و تنها دو نفر از آنها زنده می مانند. تانجیرو برای انتقام خون خانواده و درمان خواهرش قصد دارد به یک دیو کش تبدیل شود و...