داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها پس از شکست دادن بیگانگان در قسمت اول ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مساله باعث خشم بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژی‌ های خود دوباره به زمین حمله می کنند و...

"جیسون" (زک افرون) قرار است به زودی ازدواج کند، اما پیش از آن مجبور می شود پدر بزرگ عجیبش (رابرت دنیرو) که سرهنگ سابق ارتش می باشد را برای تعطیلات تابستانی به فلوریدا ببرد و...