داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...

"نیک" شهردار جوانی است که در منطقه یانکرز نیویورک زندگی می کند. جایی که وضعیت اقتصادی نابه‌سامانی دارد و اختلاف نژادی در آنجا موج می زند. دولت به او ماموریتی می دهد که آینده سیاسی او را به خطر می اندازد. او مجبور به ساخت خانه هایی در محله سفید پوستان می شود و...