هنگامی که یک پلیس محلی و یک مددکار اجتماعی غیور سرنخ هایی را در مورد موارد افراد گمشده در اطراف شهر دنبال می کنند، اکتشافات شگفت انگیز در یک مزرعه خوک کشف می شود، جایی که قصاب شهر بیشتر از دام ها را سلاخی می کند.

داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها پس از شکست دادن بیگانگان در قسمت اول ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مساله باعث خشم بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژی‌ های خود دوباره به زمین حمله می کنند و...